L’histoire de Clairac est une histoire qui se concentre principalement sur son abbaye. En effet, c’est autour de celle-ci que se développa le village. Selon les écrits, elle fut créée au VIII^e siècle et atteint son apogée entre le XII^e et XIII^e siècle.

A cette époque, les moines étaient alors très nombreux et travaillaient aussi bien la terre que l’art de la copie et la reproduction de manuscrits. L’abbé de Clairac était aussi le seigneur du village et commandait deux bastides, cinq prieurés et une cinquantaine de paroisses. Les moines possédaient également deux moulins sur le Lot. Les revenus de l’abbaye étaient grâce à cela assez importants. Et c’est cet important dégagement de revenus qui au XV^e siècle conduira le chapitre de la cathédrale du Latran à demander des droits sur cette abbaye au roi de France. Celui-ci les accorda en 1482. Cependant, à cause de l’essor du protestantisme dans la région, le Latran ne pouvait percevoir ces revenus. C’est alors qu’en 1604 le roi Henri IV (originaire de Pau) fait en sorte que le chapitre puisse percevoir les revenus qui lui sont dus.

Entre 1621 et 1629, éclataient d’importants soulèvements populaires de protestants partout en France appelés les révoltes huguenotes. Clairac était un village principalement protestant à l’époque et connu donc également cette révolte. Le roi de l’époque, Louis XIII décida alors de soumettre la Guyenne et d’assiéger le village. Après 14 jours de siège, Clairac se rendit. L'armée du roi fû content de sa rapide victoire sur les clairacais. Heureusement, grâce à cela, mais surtout grâce à l'influence des moines de Clairac sur le territoire et les importants revenus perçus par le Latran sur les terres clairacaises, les villageois purent négocier et sauver leur village de la destruction. Tonneins qui précéda Clairac n'eut pas cette chance et fu entièrement rasé par le jeune roi. Cependant une grande partie de leur fortifications de terre furent détruites sur ordre du roi. Quelques personnes tenues pour responsables de la révolte furent exécutées et le roi s'en alla. Pendant cette guerre, les villageois comme les moines abandonnèrent un temps le site.

Aujourd'hui encore, l'Etat français garde un héritage de cette histoire et ce au plus haut lieu.